养殖后期，随着饲料投喂增加，鱼塘底恶化，塘水老化，容易出现富营养化现象，须加强管理。
富营养化的危害
引起藻类种群的变化水体富营养化极易使原来为罗非鱼提供饵料的优势种群如硅藻、甲藻等数量减少，而被一些不易消化的藻类等代替，水体颜色也随优势种群而改变。这些藻类的过度增殖，一方面，使水面形成云斑状“水华”，并发出腥臭味，恶化水质，影响罗非鱼生长发育；另一方面，藻类过多，吸附到鱼鳃上可影响呼吸，藻类死亡后，其蛋白质分解可产生羟胺、硫化氢等有毒物质，威胁着鱼类等水生生物的生存。
造成水体溶氧的剧烈波动白天由于藻类及水生植物的光合作用，可使水体溶氧处于饱和状态，而夜晚则因大量藻类、藻类尸体、有机污染物、好气细菌等消耗氧气而造成水体缺氧。特别在夏秋两季，水温高，有机质的分解快，耗氧量更大。同时，大量藻类覆盖水面，会影响中下层水体的光合作用，使溶氧呈垂直分层，可造成罗非鱼窒息死亡。
水体毒性增强富营养化水体，硝酸盐、亚硝酸盐含量高，这些化合物经氯制剂消毒后，能形成多种致癌物质。而亚硝酸盐的衍生物亚硝胺，本身就是一种强致癌物质，对罗非鱼的生长有极大的危害，易造成罗非鱼畸形。
易引起整个池塘鱼类疾病并发养殖水体有机质积累增多，可导致病原微生物的大量繁殖，一旦鱼体损伤，病菌便迅速侵袭伤口，造成短期内呈暴发染。如淡水鱼类暴发性流行病就与水环境恶化有很大关系。
富营养化的防治
1、通过换水、注水等手段稀释污染水体，降低营养物质浓度；经常开启增氧机，曝气增氧，避免溶氧分层；科学投饵施肥，对于富营养水体不施化肥和有机肥；调整放养结构，相对减少罗非鱼放养量，增加滤食性鱼类的放养量；藻类过多也可人工打捞清除。
2、药物治理方式，对于藻类大量繁殖的“水华”，可以喷洒0.7克／立方米硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5：2)加以扑灭；经常使用生石灰、漂白粉改善水质，杀灭有害藻类和病菌；对有机物过多的水体，投放过氧化钙等增氧剂增加溶氧，促使饵料生物的繁殖；若水体悬浮物较多还可以用明矾澄清。
3、利用生物制剂防治，泼洒生物净水剂，如：化能异氧细菌、光合细菌等一类高效活性微生物制剂，它能快速降解、转化养殖水体中的有机污染物和氮、磷等营养素，并能有效抑制水体中病原微生物和有害藻类的生长和繁殖，降低氨氮、亚硝基氮、硫化氢等毒物含量，改善水质，促进养殖生物的快速生长。