在目前水产养殖中，流行较广、危害较大的一些常见鱼病，往往有许多相似的症状，必须加以严格区分，才能对症治疗。
1.病毒性肠炎与细菌性肠炎及鲩内变形虫病的鉴别
这三种病病鱼肠道均呈红色。其中病毒引起的还兼有口腔、肌肉、鳃盖、鳍条等充血，肠粘膜一般不腐烂脱落；细菌性肠炎没有口腔肌肉充血，肠道粘膜往往溃烂化脓，乳的腹水很多；鲩内变形虫病症状相似于细菌性肠炎，但一般只表现于后肠部。
2.具白点症状的鱼病的鉴别
具白点症状的鱼病常见有白皮病、打粉病(白鳞病)、小瓜虫病以及微孢子虫病。
(1)白皮病与打粉病。若背鳍、尾鳍及背部先后出现白点，随病情加剧白点数目逐渐增多，最终白点遍及全身，使整个体表好似涂了一层白色粉末，此是打粉病；白皮病的白点只出现在背鳍基部或尾柄处，随病情发展也只是白点本身的面积扩大，最终表现为背鳍至臀鳍为界的整个后部皮肤呈现白色。
(2)小瓜虫和微孢子虫。病鱼死后2-3小时观察其发病部分，仍有白点的是由微孢子虫引起的；没有白点的则为小瓜虫引起的。
(3)小瓜虫与打粉病。前者细看，白点间有充血的红斑。
3.“鳃盖张开”状鱼病的鉴别
“鳃盖张开”状鱼病包括车轮虫病和指环虫病等。前者有典型的“白头白嘴”、鳃丝鲜红等症状；后者鳃部明显浮肿，鳃丝呈暗蓝色。
4.“肠壁膨大”状鱼病的鉴别
球虫病、侧殖吸虫病、许氏绦虫病、九江头槽绦虫病、刺棘虫病以及鲤长棘吻虫病等均有不同程度的肠壁膨大或肠道堵塞等症状。
侧殖吸虫病和九江头槽绦虫病分别有闭口不吃食物和口张不吃食的明显症状的区别。球虫主要寄生于青鱼，许氏绦虫和鲤长棘吻虫只寄生于鲤鱼；但后者一般是寄生于前肠，严重时肠管发炎、肿胀和溃疡，肠壁穿孔。刺棘虫病主要危害草鱼。
5.鳞片隆起症状鱼病的鉴别
主要有鲤鱼嗜子宫线虫病和竖鳞病。前者鳞片隆起的程度较大，虫体寄生部位的皮肤肌肉充血发炎；患竖鳞病的病鱼鳞片竖起如松果球状，鳞片基部水肿呈半透明小囊状，挤则出水。
6.具“急躁不安”、“狂游”、“跳跃”现象的鱼病鉴别
该类鱼病包括疯狂病、中华鳋病、鲺病、锚头鳋病及复口吸虫病等。
(1)疯狂病和中华鳋病。主要危害鲢鱼、鳙鱼。前者病鱼具有脊柱向背部方向弯曲、整个尾部极度上翘而露出水面、呈波浪形旋转运动、一时沉入水底、一时露出水面的特征；后者脊柱不弯曲、尾鳍仅上叶露出水面，且病鱼仅在水体表面打转或狂游。
(2)大中华鳋病和鲢中华鳋病。前者寄生于草鱼、青鱼的鳃部，病鱼跳跃不安；后者寄生于鲢鱼、鳙鱼鳃部，病鱼一般不跳跃。
(3)中华鳋病与鲺病。两者均有跳跃现象，但只要掀开鳃盖观察就可发现前者鳃丝末端挂有许多白色小蛆状物，群众称为“鳃蛆病”，后者无此症状。
(4)锚头鳋病及复口吸虫病。二者同样呈现病鱼急躁不安的现象，但前者严重感染时鱼体似披蓑衣；后者还表现为在水面不安地挣扎，有时头朝下、尾朝上，严重时，具眼球脱落成瞎眼等症状。
7.池边聚集周游或头撞岸边鱼病的鉴别
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这可能是跑马病、泛池或是由小三毛金藻引起的鱼类中毒。前者仅是绕池周游，驱之难散；泛池一般发生在无风、闷热，气温上升，气压下降，打雷不下雨或雷阵雨的情况下，在半夜以后发生，全池鱼类均浮在水面，用口张着呼吸，或横卧水面或头撞岸边，呈奄奄一息状态；小三毛金藻病往往有大部分鱼类狂游乱窜，一般池鱼向池的四隅集中、驱之才散，病情严重时，池鱼几乎都集中排列在池边水面附近，头朝向岸边，静止不动。
8.“乌头瘟”的鉴别
包括青、草鱼肠炎病和细菌性鳃病。其共同症状是体色发黑，头部乌黑。区别在于前者腹部肿胀且有红斑，手摸柔软，红肿，轻压腹部有乳粘液流出；后者鳃盖内表皮往往充血。值得注意的是这两种病往往在同一鱼体上发生。