南方一些地区冬季气候变化无常，当长时间无冷空气南下，阳光普照时，冬眠的甲鱼就会苏醒觅食，当寒流南下白天气温低到12℃以下时，甲鱼又进入冬眠状态。如果不加强管理，奇冷奇热的天气甲鱼往往会因冻伤感染水霉病和细菌性疾病，造成损失。因此必须采取如下措施。
一、选好越冬塘。
越冬塘一般应选在远离村镇无厂矿污染源，且灌排水源方便的池塘，水深最好2m以上，淤泥厚度30cm左右，面积2―3亩，背风向阳更佳。有条件者可以分级分规格（亲鳖、成鳖、幼、稚鳖）越冬。在秋收割禾前将甲鱼进行体表消毒（用4％的盐水浸洗10分钟后）落塘养殖过冬。无条件者则原池越冬。
二、对水质消毒。
越冬前，先将水质用标准渔药进行水质消毒。毒性过后（约7―10天）即可将甲鱼落塘越冬。由于水温时高时低，越冬的甲鱼在苏醒3天后则进行水质消毒一次，每月保持对水质消毒一次。水质消毒应选用对甲鱼刺激性小的表面活化剂类或碘类药物消毒，而不要选用对甲鱼刺激性大的含氯试剂或生石灰消毒。
三、加强水质管理，保持水质清新。
水体要求透明度30cm，PH值7.5―8.5，总氨氮小于1.5mg／l，硫化氢小于0.06mg／l，溶解氧大于4mg／l。其次用竹杆在池塘一角用竹（网）片每亩围圈60―70m2水面种植凤眼莲（水浮莲、水仙）之类的水生植物。以净化水中各种有害的物质如油类、苯胺、甲苯铵、净化酚及有害的化学元素如银、铝、镉、磷、钾、氮、铁、钠等。或投放有益细菌。如光合细菌、硫化细菌、硝化细菌。增加水中溶解氧，减少水中有害物质，抑制有害细菌生长繁殖。还可用沸石粉或底净药物来净化池塘底质淤泥中的有害物质。三是每亩池塘适量放鲢鱼60尾，鳙鱼20―30尾混养。以鲢鱼滤食浮游植物（藻类），鳙鱼滤食浮游动物，有效控制浮游生物过量繁殖，保持水质合理稳定。四在水温连续几天在20℃以上时，天气晴朗适当灌入30cm新水，排放部分老水，淡化毒物，增加水体溶氧量，保持水质肥、活、嫩、爽。
四、甲鱼在越冬期间，水温上升到20℃以上时中途会苏醒，这时应投喂饲料，补充身体消耗掉的能量。但如果进行水上投喂，甲鱼反应迟钝，一般不上来摄食，故要实行水下投喂方式。最好投喂新鲜鱼类，投喂办法是用铁丝穿过鱼头部，并吊挂在水中待甲鱼摄食2―3个小时后才将残饵消除干净，以免污染水质环境，要求每天投喂一次。当水温转冷后（20℃以下）甲鱼又转入冬眠期，就不需投喂。